先秦儒学，由于其“迂远而阔于事情”，始终没有成为占统治地位的思想。秦始皇焚书坑儒，更给了它致命的打击。秦亡汉兴，统治者鉴于前朝灭亡的教训，省刑薄赋，与民休息，并积极营构新的上层建筑。几经反复，选择了儒家思想为统治思想。其标志，便是汉武帝采纳董仲舒的建议，“罢黜百家，独尊儒术”。从此，儒家在封建社会意识形态领域，独领风骚两千年。
董仲舒(前179一前104)，广川（今河北枣强县）人，因治《公羊春秋》，景帝时为博士。他治学专精，弟子众多，曾“三年不窥园”，完成了经学巨著《春秋繁露》。汉武帝即位后，为完成由无为到有为的转变，连续三次下诏，策问古今治乱之道合天人之际等问题，董三次应对，即所谓“天人三策”，受到汉武帝称许。在第一次策问中，董就提出了“罢黜百家，独尊儒术”的主张。董仲舒的儒学，以儒家思想为主干，兼采各家，其中包括道家的自然观，法家的集权思想以及阴阳家的阴阳五行之学等等，构成神学式理论体系。
他宣扬天为万物之祖，百神之君，认为天制造了人类，人类为天的副本。天人之间声气相通，休戚相关，天是一个大宇宙，人是一个小宇宙。天对万物实行主宰，以阴阳五行的变化和符瑞、灾异对万物和人类社会发挥作用，产生影响。
君主授命于天，是代天行事，须以天意为行为准则。董仲舒是想用神权来限制君权。但他编织了一张形而上的天人关系网，赋予君主承上启下，圆通万物的作用，君主成了事实上的天，天威神圣不可侵犯，把封建专制制度的理论系统化神圣化。所以这一思想是历代统治者都乐于接受，并鼓吹和利用的。
他认为天有阴阳，人也有阴阳，“君为阳，臣为阴；父为阳，子为阴；夫为阳，妻为阴。”（《春秋繁露·基义》）天的意志是“阳贵而阴贱”（《天辨人在》），“亲阳而疏阴”（《基义》）所以君为臣纲，父为子纲、夫为妻纲，均出自天意，不可变更。董仲舒抛弃了先秦儒家提出的君臣、父子等互惠互动关系，以及在上者要身体力行、率先垂范的前提，把双向的人伦义务变成片面的等级服从，主张人臣要绝对服从君主。他的三纲学说是对君权、父权和夫权的肯定。“天不变，道亦不变”，把封建社会的统治秩序永固化。
他还根据阴阳观念，指出在政治生活中阳表现为德，阴表现为刑，德主生，刑主杀，而“天”是欲生不欲杀的，天道是重阳轻阴的，故统治者应以德为主，以刑辅之。这样，便从理论高度，为统治策略规定了模式。汉宣帝讲“汉家自有制度，本以霸王道杂之”（《汉书·元帝纪》），便是证明。此后的封建王朝，基本上沿用了“汉家制度”。
总之，董仲舒改造过的儒家学说，就某些理论而言，是对先秦儒学的倒退。尤其是他的君权神授理论和“三纲五常”说，对后世影响最为深刻，长期禁锢着中国人民的头脑，桎梏着历史的发展。但是，董仲舒从宇宙论的高度确认了儒家学说的合理性，神化孔子和经书，把先秦儒学由一个学派的思想发展演变为全国性的封建统治思想，使儒学的地位“定于一尊”，又可谓是儒学发展的功臣。董仲舒创建新儒学思想体系时，正是封建社会处在蓬勃兴盛的上升阶段，其思想主旨是维护大一统封建秩序，适应了时代的需要，对于巩固国家统一，加强封建专制统治，防止暴政，促进当时社会的发展是有积极作用的。